1. Jeżeli Komisja Europejska odrzuci krajowy plan w części, minister właściwy do spraw środowiska, kierując się koniecznością zapewnienia obowiązku wykonania decyzji Komisji Europejskiej, równego traktowania instalacji objętych systemem, dostępu do uprawnień do emisji nowym instalacjom, potrzebą zapewnienia bezpieczeństwa energetycznego państwa, a także powszechnym charakterem tego planu, sporządza poprawiony krajowy plan. Do poprawionego krajowego planu stosuje się przepisy art. 15.
2. Jeżeli Komisja Europejska odrzuci krajowy plan w całości, sporządza się nowy krajowy plan zgodnie z art. 13-15.