Rozdział 1. Przepisy ogólne (art. 1-5).
Rozdział 2. Administrowanie systemem (art. 6-11).
Rozdział 3. Rozdział uprawnień do emisji (art. 12-21).
Rozdział 4. Przyznawanie uprawnień do emisji operatorom statków powietrznych i prowadzącym instalacje (art. 22-28).
Rozdział 5. Aukcje uprawnień do emisji (art. 29-39).
Rozdział 6. Zezwolenia (art. 40-49).
Rozdział 7. Szczególne zasady wydawania zezwoleń podmiotom podejmującym realizację instalacji, które będą wytwarzały energię elektryczną (art. 50).
Rozdział 8. Monitorowanie i rozliczanie wielkości emisji (art. 51-67).
Rozdział 9. Grupa instalacji objętych systemem (art. 68).
Rozdział 10. Wykorzystanie jednostek redukcji emisji i jednostek poświadczonej redukcji emisji (art. 69).
Rozdział 11. Kary pieniężne (art. 70-77).
Rozdział 12. Zmiany w przepisach obowiązujących (art. 78-82).
Rozdział 13. Przepisy przejściowe i końcowe (art. 83-97).